Entre as principais finalidades da ANFEP, destacam-se:

1. Atuar em favor de uma educação de excelência;
2. Articular, colaborar e representar os interesses das fundações educacionais privadas;
3. Estabelecer relações com instituições congêneres nacionais e internacionais, bem como atuar, representar, intermediar politicamente e assistir as associadas junto a instituições privadas e órgãos públicos, especialmente aqueles que cuidam da educação, cultura, ciência e tecnologia, saúde e desenvolvimento social;
4. Oferecer suporte jurídico, pedagógico e administrativo às suas associadas;
5. Promover a cooperação entre as associadas, servindo como espaço para discussões, debates e tomadas de decisões sobre questões comuns e de interesse mútuo;
6. Desenvolver sistemas, técnicas e metodologias inovadoras para aprimorar a qualidade da educação;
7. Prestar serviços às instituições públicas e privadas nos campos da educação, administração, planejamento, elaboração de projetos e recrutamento de mão de obra;
8. Facilitar um ambiente de diálogo e integração para desenvolver estratégias que promovam a excelência no ensino, na pesquisa e no desenvolvimento, alinhadas com as necessidades da sociedade;
9. Auxiliar as fundações educacionais privadas e o Ministério Público nas questões relacionadas ao velamento de que trata o art. 66 do Código Civil;
10. Propor políticas públicas, programas e projetos, bem como acompanhar as ações governamentais relacionadas à educação;
11. Atuar como substituta processual das associadas em juízo, nos termos previstos na Constituição Federal, art. 5, incisos XXI e LXX, bem como na qualidade de “amicus curiae” em processos de controle abstrato de constitucionalidade perante o Supremo Tribunal Federal.